学成归来以后，受到了刺激的堂胡安不遗余力的在国内宣传大明的强大，要求西班牙朝廷重视和加强与大明的关系，并且效仿葡萄牙王国，大批向大明派出留学生，腓力二世采纳了他的意见，开始从西班牙贵族中间挑选年轻的才俊赴大明留学，当然，为此西班牙王国付出了不小的代价，这让腓力二世多少有一点心痛，忍痛缩小了留学人数的规模。
此刻在腓力二世的心目中，最重要的事情还是这次基督世界与奥斯曼帝国的决战，腓力二世还为堂胡安亲王配备了一群经验丰富的参谋人员，包括小心谨慎的多里亚、路易斯·德·雷克森斯以及一位有经验的航海家圣克鲁斯侯爵阿尔瓦罗·德·巴桑。舰队的主要目的就是把奥斯曼人从亚平宁半岛附近赶出去。
堂胡安即将出征法马古斯塔（基督教世界和阿拉伯世界对峙的前线），腓力二世坚持要求，必须在这三人都同意的情况下，才可以和敌人交锋。国王认为这样就有效避免了发生交战的风险。他认为自己可以依赖多里亚投否决票。
基督教世界已经磨拳霍霍！而此时此刻在1200英里之外，即将与堂胡安对抗的奥斯曼舰队司令正在准备劫掠克里特。乍一看去，穆安津扎德·阿里帕夏与堂胡安简直是来自两个世界的人。
堂胡安是欧洲王室的私生子，而阿里出身贫寒。他的父亲是奥斯曼帝国旧都埃迪尔内（伊斯坦布尔以西140英里处）的穆安津，即召唤群众祈祷的人。在能者为先的奥斯曼帝国晋升体系中，阿里现在已经攀升到了第四维齐尔的高位，又被任命为位高权重的海军司令，也就是伟大的海雷丁·巴巴罗萨曾经占据的职位。阿里受到民众的赞扬：“他勇敢而慷慨，天性高贵，热爱知识和艺术；他言辞得当，笃信宗教，生活纯洁，无可指摘。”
但阿里和堂胡安一样都没有实际的海战经验，不过他们最相似的地方就是都曾去过大明留学，不过他所留学的地方是设在广州的马尾海军学院。在奥斯曼帝国，也是少有的亲华派和知华派，对大明有着天然的好感。阿里非常认可真主教创始人穆罕默德所说的“学问尽在中国”这句话，也在国内大力宣传向大明学习，可惜的是并没有得到当权者的认可。
1573年8月22日，堂胡安率领基督教舰队抵达墨西拿，此时，奥斯曼的舰队对此一无所知。9月初，舰船继续集结，堂胡安决定召开一次作战会议，以决定行动计划。
堂胡安通过一段时间的磨合，发现让所有高级军官都参加会议显然是明智之举；考虑到各派别的钩心斗角，堂胡安决定光明正大地行事。9月10日，七十名高级军官聚集在“国王”号上，参加了这场决定命运的会议。
信奉进攻，深受大明海军作战思想影响的堂胡安提出了两个进攻方案：寻找敌人与之交战；或者按照堂加西亚的建议，“不去主动求战，而是让敌人来找我们，并抓住每一次机遇迫使敌人这么做”。
毫不奇怪，会上大家又产生了分歧。教皇国舰队和威尼斯人主张立即进攻；多里亚和西班牙舰队主张小心谨慎。堂胡安直言不讳地宣布，他打算发动进攻，决战决胜；这个提议在投票中得到一致通过。事后看来，这场战斗的胜利有些侥幸。奥斯曼人太大意了，他们被以前的胜利冲昏了头脑。让所有人都没想到的是，基督徒成功地集结了一支庞大的舰队。
为了鼓舞士气，表示绝不退缩的决心。堂胡安还当众宣示众人，如果西班牙舰队不肯参战，他将率领教皇国和威尼斯舰队单独行动。几十年来，基督世界不断战败的刺激、教皇在宗教方面的巨大期待、欢呼的群众、招展的旗帜和庆祝活动、堂胡安闯劲十足的宣示，都推动了远征继续进行。正如当时的一位观察者所说，所有人“就像毒蛇被魔咒迷住一样”。在其他人的无声压力下，多里亚和雷克森斯也投票主张积极行动。
“并不是所有人都心甘情愿地同意作战，但都因为畏惧耻辱而被迫做出了这样的选择，”萨伏依舰队的司令官在他的日记里如此写道。
分歧无处不在，包括副司令多里亚仍然记着腓力二世的御旨，希望能够避免作战。会议决定，抵达科孚岛后再确定最终的目标。现在还有时间来阻止寻求交战的冲动，但舰队在墨西拿以东继续前进，使得堂胡安亲王的决策越来越难推翻。大军群情激昂。
可靠的情报是至关重要的。堂胡安派遣马耳他骑士希尔·德·安德拉达率领4艘快速帆船作为前驱和侦察部队，搜集情报。三天后，安德拉达带回了令人担忧的消息：土耳其人进攻了科孚岛，然后又返回了普雷韦扎。
大家都很担心，奥斯曼舰队或许正在分散，准备过冬。那天夜里，整个舰队的全体官兵扫视着夜空和黑暗的大海，目睹了一个天体现象，士气大振。一颗极其耀眼的流星划过夜空，爆炸分裂为三团烈火，拖出长长的轨迹。大家认为这是个吉兆。
但是随后天气恶劣起来；一连几天，舰队在暴风骤雨中艰难行进，风雨遮蔽了海平线，令舰船举步维艰。不过好在安德拉达的情报是正确的：土耳其舰队在一场极其成功的战役后撤出了亚得里亚海。骄傲的土耳其人占领了一些重要的堡垒，夺得大批战利品。
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