对海瑞的弹劾几乎与海瑞在应天的改革同步进行，而且同样出手极重，攻势凌厉。给事中戴凤翔甚至危言耸听地说，在海瑞的治下，佃户不敢向业主缴租，借方不敢向贷方还债，民间流传的说法是“种肥田不如告瘦状”。如果不是因为海瑞自己清廉到无可挑剔，他一定会被描述成周兴、来俊臣那样的酷吏。内阁也深为海瑞的做法忧虑。他们想起一个医生，这个医生曾给病人猛吃巴豆，还振振有辞地讲什么医书上说“巴豆不可轻用”，当然要重用了。内阁觉得海瑞就是这样一个医生，应该迅速地将其从巡抚的任上召回，以免我们这个原本就病病殃殃的帝国被他过度的热情医得人仰马翻。
海瑞决定向张居正求援。
海瑞在京时，大约与张居正有过接触。在他看来，张居正这个人还是有头脑的，不至于和那些尸位素餐的大员们一样都是妇人。这时张居正已入阁三年，为吏部尚书，武英殿大学士。因此海瑞希望张居正能出来主持公道。张居正和海瑞一样，也主张革新政治，加强法纪，而且也讨厌苏（苏州）松（松江）地主，然而对海瑞的求援却表示无能为力。他给海瑞回信说：“三尺之法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不堪也。”古代将法律条文写在三尺长的竹简上，故称“三尺法”，也称“三尺”。他还说，现在朝廷对海瑞的议论，是“讹言沸腾，听者惶惑”。所以居正虽然忝列庙堂之末，也惭愧不能为奉法之臣说几句话。
张居正这封信历来颇受谴责，认为他阳为同情，阴为谴责，虚伪得很。我却认为张居正所言句句是实。当时朝廷上下确实已视海瑞为眼中之钉，必欲去之而后快，张居正帮他说上几句也无济于事，何况还不以海瑞的做法为然？当然不能怪他不援手。
那么，张居正自己做得又如何呢？好像也不怎么样。
张居正应该算是明代最有名的政治家之一。他在万历皇帝登基那年（公元1572年）采取突然袭击的方式，以迅雷不及掩耳之势击倒首辅高拱，到万历十年（公元1582年）去世，担任元辅兼帝师十年之久。去世前九天，被加封太师衔，成为有明一朝生前获此殊荣的惟一一人。这十年间，万历皇帝其实不过只是他的学生（万历登基时九岁），慈圣皇太后对他又恩宠信任到无以复加的程度，所以这十年间的皇帝圣旨和太后懿旨，不过是他张居正的旨意。满朝文武，也大多是他提拔、栽培的私人。这样的权势，海瑞当然不敢望其项背。
不过张居正和海瑞的地位权威虽然悬殊，两人的作风却颇多相似之处。比如都勇于任事，认真负责，一丝不苟，雷厉风行等等，只是张居正比海瑞少了廉洁，多了权谋。张居正的政治才能是毋庸置疑的，他的个人魅力也很让人倾倒。他聪明绝顶，机敏过人，博闻强记，明察秋毫，而且重礼仪，修边幅，里里外外都表现出一个贤相应有的风度。隆庆去世时，他与高拱同在内阁。高拱是首辅，他是次辅。因为明代没有宰相制度，只有阁臣制度，因此次辅也略为有些“第一副总理”的意思。但当时的廷臣们，都很厌恶高拱这个一号阁臣，而对二号阁臣张居正有好感。张居正为了排挤高拱，由宦官冯保穿针引线，与万历的生母李贵妃达成政治上的秘密协定，条件是尊李贵妃为“慈圣皇太后”，与万历的嫡母“仁圣皇太后”两宫并尊。这种向为正派臣僚不齿的行径，居然也得到了谅解。张居正当时人缘之好，威望之高，可见一斑。
小皇帝万历对张居正也是既敬且畏。万历皇帝名叫朱翊钧，万历是他的年号，死后的庙号是神宗。明以前，一个皇帝的年号有许多，其中尤以武则天的年号为最多，有时一年之中要改好几次，因此历史上习惯用他们的谥号或庙号来称呼，比如汉武帝、唐太宗。明清两代的皇帝只有一个年号（惟明英宗朱祁镇因两次登基而例外），人们也就习惯于用年号来称呼，如明的万历，清的雍正。万历和他的两位母亲对张居正有着特殊的尊重，称他为“元辅张先生”。因为张居正帮他们孤儿寡母除掉了骄横跋扈、有不臣之心的首揆（即首辅、元辅）高拱。其实这事是张居正和冯保的阴谋。冯保把高拱哭灵时说过“十岁的太子，如何治天下”的话，稍加改动，变成“十岁的孩子，如何做天子”，传到后宫，使两宫太后大为震惊，万历皇帝也陡然变色。于是，在张居正的精心安排下，高拱在一个早晨突然被褫夺全部官衔职位，驱逐出京，遣返原籍，交地方严加管束。据说当时跪在百官最前列的高拱如遭雷击，瘫倒在地，不能动弹，最后还是在张居正的搀扶下，才得以蹒跚出宫。
张居正有勤王保驾之功，加上他是那样地仪态庄重，道貌岸然，聪明睿智，博学多才，每一句话都说得那么在理，每一件事都办得那么得当，每一项举措也那么合理和得体，让十岁的小皇帝和那两个妇道人家佩服得五体投地，也就理所当然地成为国政的总设计师和皇帝的总教育长。
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