然而海瑞却很认真。
海瑞认为，既然太祖洪武皇帝是本朝的开国君王，既然君无戏言而太祖又制定了这些法令，既然这些法令又是完全符合圣人理想的，那么，就应该坚决执行，不打折扣，而不能考虑执行起来有无困难。因此，他不但身体力行，对微薄的薪金毫无怨言，而且决心像一个勇敢的斗士，向一切腐败的行为开火。
海瑞实在太天真了。他不知道孔子的主张原本只是一种理想，也不知道本朝开国已经两百年。洪武皇帝一些心血来潮的政令，即便是在当时，有的也只是一纸具文。他当然更不知道，官场的弊病并非只有贪墨，还有危险更大的一件事情——派系斗争。
海瑞其实一开始就卷入了派系斗争，只不过他自己不知道。他既是派系斗争的受害者，也是派系斗争的受益者。他的升官和罢官，除一次是因为得罪皇帝外，其他几次都与派系斗争有关。第一次升官，由兴国知县调升户部主事，是因为严嵩倒台而他反对过严嵩的党羽；第二次升官，是因为徐阶的引荐而徐阶反严，罢官则因张居正主政而他又非张居正一党；第三次复出，则是因为张居正已死并被问罪。但海瑞并不把自己的升迁和朝局的变化联系起来。他坚持认为这是道德上善与恶斗争的结果：自己被重用，是正气得到伸张；自己遭贬黜，则是邪恶占了上风。因此他一如既往地按照自己简单的善恶二元论思想去判断是非决定行止：是善的就支持，是恶的就反对，而无论对方属何派系，也无论他们与自己是有恩还是有仇。
因此，海瑞一到应天巡抚任上，就拿徐阶开刀。
徐阶一向是支持海瑞的，他甚至是海瑞的救命恩人。海瑞因痛骂皇帝而被捕下狱，刑部参照儿子诅骂父亲的条例，主张处以绞刑，被徐阶压了下来。嘉靖皇帝自己对于杀不杀海瑞也一直都很犹豫。他一会儿承认海瑞说得也有道理，一会儿又觉得不杀了这个目无君父的畜生简直忍无可忍。徐阶便找了个机会悄悄对嘉靖说：像海瑞这样的草野狂夫，根本就不值得为他动怒。他无非明知皇上圣明，故意来找些岔子，以便沽名钓誉。皇上杀了他，反倒成全了他。不如干脆不加罪，他也捞不着虚名，大家也更会颂扬皇上德被四海。这话虽然不中听，但对海瑞却是小骂大帮忙，非如此不能将其从那暴君的虎口中救出。当时徐阶如果在嘉靖的耳边煽风点火添油加醋，十个海瑞也得粉身碎骨。
海瑞出狱后，徐阶对他信任提拔有加。海瑞这一阶段的青云直上，与徐阶有很大关系。海瑞虽然迂阔，还不至于不识好歹。对于这位于己有救命之恩又有提携之恩的首辅，内心十分地感激。徐阶主政以后，也确实做了不少好事，比如清除了严嵩的党羽，法办坑害人的巫师，减免了四十万两盐税，人民拥护，海瑞也拥护。于是，徐阶在海瑞心中，就成了一个正人君子。当徐阶受到高拱、李芳等人攻击时，海瑞是坚决站在徐阶一边的。徐阶因为四面受敌，年事又高，打算知难而退，告老还乡，海瑞专门去信劝阻，说徐阶受到攻击，无非因为“小人欲行己私，变乱是非”，徐阶的政策并无错误，政绩也不可抹杀。此时海瑞对徐阶，可以说是感激、敬重，还有些崇拜。
然而海瑞到应天巡抚任上后，对徐阶的态度就大为改变。因为海瑞一到任，就发现此地最为严重的社会问题，是乡绅豪强大量地占有土地，使耕者无其田，而税收无由出。这些土地，都是土豪劣绅们从农民手里侵夺的，农民当然很想收回。听说连皇帝都不怕的青天大老爷海瑞来了，穷苦无告的农民们便纷纷向海瑞提出控诉，据说仅松江府华亭县（也就是现在的上海），提出控诉的农民就达万人之多。松江府华亭县正是徐阶的故乡，而徐阶也正是侵占民田最多、最为小户农民痛恨的一个大地主。徐阶一家，是个大家族，几代没有分家，因此成员多达数千。他们一家占有的土地，数字也很吓人，有说二十四万亩的，有说四十万亩的。 这么多的土地，当然不可能是他的家人诚实劳动所得，只能来自巧取豪夺。更为严重的是，他们兼并土地以后，还仗势拒交赋税。地方官畏于徐阶的官威，不敢认真催收，只好在其他自耕农身上加重盘剥，以完成征收赋税的任务。无法忍受的农民走投无路，又只好把土地抵押甚至奉献给徐家，以换取保护。如此恶性循环，结果也很简单，那就是天怒人怨，民不聊生。
徐阶一家这种损公（国家）又损人（农民）的利己行为，使清廉、正直的海瑞十分震惊，而徐阶的形象，在他心目中也一落千丈。他觉得徐阶不但不是什么正人君子，而且简直就是伪君子。他无法理解，在朝中为官尚属清正的徐阶，在家乡怎么会有这样的恶行？人，可真是难以看透。当然，上述不法行为，主要是徐阶的弟弟和子侄们干的，徐阶也曾有所劝阻，但劝阻并不得力，实际上睁眼闭眼，默许放纵，姑息养奸。海瑞眼里是揉不得沙子的，何况此事与他的原则抵触太大：既不符合他均贫富、一天下的社会理想，又不符合他廉洁奉公、遵纪守法的政治标准，当然不能容忍和姑息。
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