建文帝则下落不明。可以确定的是，当时宫中曾经燃起熊熊烈火，大火扑灭后也找到了烧焦的尸体。于是燕王宣布那就是朱允炆的遗骸，并在八天后以天子之礼安葬。
但，更多的人相信建文帝已经出走。
出走并非没有可能。流传最广的说法是：大火是建文帝在绝望时下令放的，混乱中马皇后跳进火中殉节，其他人则找到了朱元璋秘藏的小箱子。打开一看，内有三张作为僧侣出家证明的度牒，以及关于逃跑路线的指示。大家依计而行，从便门逃出皇宫，又在护城河边见到前来接应的道士。
那道士说，是太祖高皇帝托梦要他来的。
这种诡异的故事可信程度很低，但并没有证据证明建文帝确实自焚而死，那具尸体也可能是马皇后的。事实上朱棣自己也将信将疑，因此后来一直派人四处暗访。不过这在当时问题不大，因为无论如何建文帝都已不在岗。
填补空白的，则非燕王莫属。
有人却问他：殿下先谒陵，还是先即位？
一句话点醒梦中人，燕王直奔孝陵而去。这里面的政治意义非同一般：先谒陵，则皇位来自太祖。因此，提醒燕王的那个名叫杨荣的小官，后来便成为新皇帝的重臣。
之后，朱棣即位，是为明成祖。
由于年号永乐，所以也叫永乐皇帝。
历史则失去了一次机会。因为按照正史的说法，建文帝跟他父亲一样宅心仁厚。如果此后几十年的执政者是他而非暴力夺权的燕王，明代政治也许不至于那么黑暗。
永乐皇帝朱棣也很快就露出了狰狞面目。
大屠杀开始了。
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