大殿
礼亭的背后是南海神庙中规格最高，也是最重要的建筑物。
大殿是南海神庙的第四进。它是仿明代木结构琉璃瓦歇山顶建筑。屋顶用绿色的琉璃瓦覆盖；中间有双凤飞翔、鳌鱼倒悬等纹饰的琉璃瓦脊；上部有两条躯体弯曲作腾飞疾走状的苍龙造型，它正在争夺当中的宝珠。据说，双凤代表美丽，整鱼代表自由，苍龙代表权力，而宝珠代表智慧。
大殿正中安放了连座3．8米高的南海神祝融。他头戴王冠，身着龙袍，手执玉圭，体态丰硕，神情却十分端庄，一派和蔼的王者风度。
大殿左右两旁有六侯塑像。据说这六个人都是为南海神治理海上风云而各自立下大功的，因此在“多神教”的道教寺庙中争得立足之地。他们分别是达奚司空为助利侯、杜公司空为助惠侯、巡海曹将军为济应侯、巡海提点使为顺应侯、王子一郎为辅灵侯、王子二郎为赞宁侯。
大殿东侧还有一面著名的东汉大铜鼓和一个明代的铁钟。铜鼓直径138厘米，高71．4厘米，厚0．4至0．6厘米，是一件极为珍贵的文物，仅次于广西、上海的大铜鼓，在中国现存大铜鼓中排位是第三。它是东汉时期铸造，鼓面正中太阳芒纹，鼓边原镶有6只铜蛙，不知怎的现已失散殆尽。其鼓身有圆形的方孔钱纹和云纹。大铜鼓是古越族人祭祀的重要礼器，代表着权力和地位。这面铜鼓除在神诞庆典中使用之外，据说它还有镇妖、定海的作用。
祝融像的背后有一块照壁，浩荡的海水上有一条龙腾云驾雾，两边有对联：“顺水千舟朝洪圣；伏波万里显真龙。”
昭灵宫
第五进叫昭灵宫，也叫做后殿，是南海神夫人的寝宫。南海神夫人在宋朝时期被封为“明顺夫人”。据说她原来是顺德的一个养蚕女子，后化为神，许配给了南海神。她除了具有与南海神一样的法力外，还有“送嗣”的职能，是妇女、儿童的保护神。
浴日亭
在南海神庙西侧，有一座小山丘，古时叫做章丘。这大约10多米高的山上有一座小亭。唐宋时这里是三面环水，“前临大海，茫然无际”，人立亭中，当然是观赏海景、对大海抒怀的最佳位置。
据有关史书记载，古代这山岗的阶梯共108级，但如今仅余72级岗阶了。这里东连狮子洋，烟波浩渺，夜幕渐退，红霞初现，万顷碧波顿时染上一层金光，一轮红日从海上冉冉升起之际，有一半仍沉在大海之中，吞吞吐吐，此景象壮观极了——这就是历史上宋元羊城八景之一的“扶胥浴日”。难怪当时有众多的文人墨客游完南海神庙，喜欢黄昏泛舟于此，第二天拂晓
过了“海不扬波”石牌坊，是头门的庭院，庭院东、西侧各有一对青石华表，一对石狮子，这显示出古庙的威严与不凡气度。
头门两边分立着千里眼和顺风耳，黑漆大门两边分画有唐初猛将秦琼与尉迟恭的门神彩绘像。这四位神祇日夜守护着神庙，其忠心耿耿可谓是千百年来如一日。门上方是“南海神庙”的横匾。左右对联写道：“白浪起时浪花拍天山骨折呼吸雷风；黑云去后云芽拂渚海怀开吞吐星月。”原联由清代林子觉撰写，现联由广东省著名书法家卢有光于1991年重书。这副对联生动地绘述了南海神呼风唤雨、法力无边的神力。
头门东侧有韩愈碑亭，这是南海神庙保存最早的碑刻。唐宪宗元和十二年（817年）和元和十四年（819年），孔子的第38代世孙孔戣来到广州祭扫南海神，并拨款修葺，扩建了庙宇，适逢唐代大文学家韩愈因《谏迎佛骨表》一事在元和十四年被贬往潮州时途经广州，孔、韩二人素来好友，且孔仰慕韩的文学才能，便请韩愈著文纪念修葺神庙之事。韩愈欣然写下了1000多字的《南海神广利王庙碑》。
韩愈碑高2.47米，宽为1.13米，韩愈撰文，陈谏书。韩愈碑刻对研究南海神庙的起源、发展、唐代祭海习俗及当时海上贸易往来，具有重大的参考价值。
头门西侧是北宋开宝碑亭。北来开宝四年（917年），潘仁美率军南下，灭了南汉国，平定了岭南地区。开宝六年（919年），北宋在广州设立南舶司，管理对外贸易，并拨款修葺南海神庙，希望能保佑海上交通、交易顺利。开宝碑亭主要记述了这段时期的祭祖及史事。
头门两边分立着千里眼和顺风耳，黑漆大门两边分画有唐初猛将秦琼与尉迟恭的门神彩绘像。这四位神祇日夜守护着神庙，其忠心耿耿可谓是千百年来如一日。门上方是“南海神庙”的横匾。左右对联写道：“白浪起时浪花拍天山骨折呼吸雷风；黑云去后云芽拂渚海怀开吞吐星月。”原联由清代林子觉撰写，现联由广东省著名书法家卢有光于1991年重书。这副对联生动地绘述了南海神呼风唤雨、法力无边的神力。
头门东侧有韩愈碑亭，这是南海神庙保存最早的碑刻。唐宪宗元和十二年（817年）和元和十四年（819年），孔子的第38代世孙孔戣来到广州祭扫南海神，并拨款修葺，扩建了庙宇，适逢唐代大文学家韩愈因《谏迎佛骨表》一事在元和十四年被贬往潮州时途经广州，孔、韩二人素来好友，且孔仰慕韩的文学才能，便请韩愈著文纪念修葺神庙之事。韩愈欣然写下了1000多字的《南海神广利王庙碑》。
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