土木堡之战后，京营遭到了毁灭性打击，从此军事世家执掌京营的格局被改变，兵部文官和宦官开始作为军事主官掌管京营。此时的京营被改革为了“团营制度”，也就是精锐集中起来由将领率领。虽然后来几经更迭最终恢复三大营制度，但是却为后来京营的变革埋下了伏笔。
明朝中期，内外局势日渐平缓，内外战争逐渐减少，而募兵制的兴起，使得京营越来越少地被地方“租借”过去，因此京营也迎来了他的和平时期。不过这一和平，就让京营万劫不复。
在经历过改革之后，京营的指挥权被转移到了多方势力的手中——勋贵武臣、提督宦官、协理文官各分一杯羹。
武官作为军队的直接统帅，经常克扣各种名目的军费军饷，以至于“支粮则有，调遣则无”。也就是说，军饷会按照规定发放，但是实际却没有这个人，军饷落入将领私囊。更有甚者，名将郭英之后郭勋竟然将骑兵战马草场租借出去以获利润，使得部队战马无从补给。
而实际在营的部队，也时常领不到军饷，因为“口食不给”、“以相保寝食而已”，士兵素质极为低下，往往面有菜色、不能穿戴甲胄，骑兵也“上马亦不能挥鞭而驽马”。
京营到了崇祯帝手中，已经是积重难返，别说像在永乐时期担任野战主力军，就是城防守备都会有问题。
但崇祯帝依然决议改革，他派遣东林党人李邦华主持京营整顿的任务。
到任视察京营状况，十万大军，实际仅存一万七千（“堪战不及十分之一”），而且“全无号令，不谙步伐”。
明军倚重的火器“点放不齐，仰天虚发”，军中紧缺的战马也“不可问”。装备被士兵私自贩卖、部队的军费积蓄也损失殆尽。而来京共同操练的班军也从以前的十余万变成了“五千三百四十二”，就连戎政府的储备银也被人盗窃一空。
崇祯时代的京营集各朝各代之大成，人无我有、人有我优，不但问题多，还更加严重。
于是李邦华提出“一补军伍，一精练拔，一清占役，一节马差，一省马军，一；练神器，一习飞石”的改革方针，势要一改本朝之积弊、还天子一可战之军。
在李邦华躬亲力行的情况下，京营结果大为改观，一方面经常检查士兵人数，使得士兵不再缺额，并且亲自检查士兵素质与操练，及时裁汰不过关的士兵；
另一方面，禁止士兵参与工程、不准战马借出。使得京营的战斗力在短期内迅速攀升，至少可以参与城防守备。
但京营的改革触动了利益集团，以至于“诸失利者衔次骨，而怨谤纷然”。在崇祯二年清军入寇畿辅的战争后，利益集团大多上书弹劾，将李邦华被赶下职位。
李邦华之后，继任者引以为戒再难以开启强有力的改革措施，依旧有局部的改善，但再难以让京营涅槃重生、强大如初了。
到明年鼠疫的影响，整个京营可以说毫无战力，一击即溃啊。
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